Madara Uchiwa et son petit frère étaient tout deux comparables en tout point et étaient tout le temps en compétition, chacun des deux voulant être le plus fort. Ils ont ensuite maîtrisé le sharingan. Ils furent alors reconnus comme membres spéciaux du clan Uchiwa. Ils continuèrent toujours à s'entraîner, sans rien d'autre en tête que la puissance. Ils ne tardèrent pas à posséder le Mangekyou Sharingan. Grâce à leurs yeux, ils prirent le contrôle du clan. Madara, l'aîné, en devint le chef, respecté de tous.
Cependant, Madara commença à ressentir d'étranges changements. Ces yeux s'enfoncèrent dans l'obscurité. Il fit alors tout ce que était en son pouvoir pour retrouver la vue, mais en vain. Il fut désespéré et sombra dans l'obscurité... Puis, il trouva une autre source de lumière. Son petit frère lui offrit ses yeux et Madara obtint un Mangekyou Sharingan éternel, ce Dōjutsu ne pouvant pas s'éteindre, qui possédait une source de lumière inépuisable.
Plus tard, il se joindra au clan Senju, et fondera une nouvelle classe politique accompagné du chef du clan Senju, qui sera plus tard Shodaime Hokage. Ils ne tardèrent pas à avoir des différents sur les politiques de leur nouveau village. Il le défia alors à la Vallée de la Fin ( où se passa le combat entre Naruto et Sasuke ). Il semble qu'il ait été défiguré suite à ce combat car depuis il porte un masque, de plus son masque n'a qu'un trou. Ayant perdu son combat face au chef du clan Senju pour avoir le contrôle du village, il poursuit alors cette tache en formant une nouvelle organisation, l'Akatsuki. Pourtant, il ne s'affiche pas en tant que chef de cette organisation, laissant ce rôle à son subordonnée, Pein, et lui donnant ses ordres dans l'ombre.
Il fut l'homme derrière l'attaque de Kyubi,il y a 15/16 ans (dans les Shippuden), mais il fut arrêté par le 4e Hokage. Il aida aussi Itachi à massacrer le clan Uchiwa, et lui apprit l'existence du Mangekyou Sharingan. Pour le moment , la cause de son immortalité est inconnue .
Son but est de prendre sa revanche sur Konoha.
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